보고서 제목 :게놈 규모 대체 전사 장치 예측을위한 새로운 컴퓨팅 프레임 워크
보고서 시간 :12月22아침의 아침10:30시작
보고서 위치 :Central South 카지노 추천 사이트 Computer Building313회의실
스피커 :Liu Bingqiang 카지노 추천 사이트
보고서 요약：
ATUS (대체 전사 단위)는 박테리아 게놈에서 다른 조건 또는 환경 자극 하에서 동적으로 인코딩되며 ATU의 게놈 규모 식별은 전사 구조 및 재미를 이해하는 데 필수적입니다ctional Genomics. 그러나 ATU의 복잡성과 역동적 인 특성으로 인해 실험 기술을 사용하여 모든 ATU를 식별하는 것은 비현실적입니다. 여기, 우리는 RNA- 시퀀싱 데이터를 기반으로 게놈 규모 ATU 예측을 위해 Seqatu라는 최초의 컴퓨팅 프레임 워크를 제시합니다. 이 프레임 워크는 CQP (Convex 2 차 프로그래밍 모델)를 활용하여 유전자 및 유전자 간 영역의 실제 발현 수준과 비교하여 제곱 오차를 최소화함으로써 모든 식별 된 ATU의 최적 표현 조합을 추구합니다. 대장균에서 예측 된 ATU는 SMRT-CAPPABLE-SEQ의 벤치마킹 ATU와 비교하여 2 개의 RNA- 시퀀싱 데이터 세트에서 0.66/0.60의 정밀도에 도달했으며 2 개의 RNA- 시퀀싱 데이터 세트에서 리콜이 0.68/0.67에 도달 하였다. 또한, 실험적인 TSSS 또는 TF 결합 부위에 의해 검증 된 예측 된 ATU의 5'- 엔드 유전자는 다른 유전자의 것보다 1.5 배 이상 더 컸다. GO 및 KEGG 강화 분석의 관점에서, 동일한 ATU에서 종종 인코딩 된 유전자 쌍은 두 개의 별개의 ATU에 속하는 것보다 기능적으로 관련이 있었다. CQP의 선형 제약을 제공하기 위해 mRNA 전 사체의 분해 속도에 대한 정보가 유기적으로 통합되었으며 상기 평가에서 예측 성능을 상당히 향상 시켰다는 것이 주목할 만하다. 우리는 Seqatu에 의해 식별 된 ATU가 박테리아 게놈에서 전사 조절 네트워크의 재구성을 안내하기위한 기본 지식을 제공 할 수 있다고 생각합니다.
스피커 프로필 :
Liu Bingqiang, Shandong 카지노 추천 사이트, System and Operations Research Institute의 이사, Dean의 조교수, Shandong 카지노 추천 사이트의 수학 학교 교수 및 박사 과정 감독자. 주제는 운영 연구 및 사이버네틱스이며, 연구 방향은 조합 최적화 및 생물 정보학입니다.20032018 년 Shandong 카지노 추천 사이트의 Basic Mathematics School of Mathematics를 졸업하고 학사 학위를 받았습니다.2010Shandong 카지노 추천 사이트의 School of Mathematics를 졸업하고 운영 연구 및 사이버네틱스를 전공하고 박사 학위를 받았습니다. 그 동안2007年1Month to2010年1그 달에, 그는 연구 방향이 생물 정보학으로 공동 훈련을 위해 미국 조지아 대학교에 갔다.2010가르치기 위해 학교에20131998 년, 그는 Shandong 카지노 추천 사이트 수학 학교 부교수로 재직했습니다.2017연도 카지노 추천 사이트. 주요 연구 방향은 그래프 및 조합 최적화 모델 및 이론을 사용하여 생물 정보학 문제에 대한 알고리즘 설계 및 데이터 분석을 수행하는 것입니다. 연구 주제에는 전사 인자 결합 사이트 계산, 발현 데이터 분석, 전사 단위 예측, 규제 네트워크 구성 및 분석 등의 예측이 포함됩니다.
